A Conferência das Igrejas Europeias foi fundada em 1959 para promover a reconciliação, o diálogo e a comunhão entre as igrejas da Europa num momento de crescentes tensões e divisões políticas da Guerra Fria. Congrega 114 Igrejas Ortodoxas, Protestantes, Anglicanas e de outras tradições na Europa. A CEC vê-se como uma rede que advoga a paz, a justiça e a dignidade da criação à luz do Evangelho.

A CEPPLE foi fundada em 1960, para responder a uma preocupação crescente com a situação precária dos protestantes na Itália e as barreiras à liberdade religiosa sofridas pelas Igrejas protestantes na Espanha e em Portugal. Este organismo tem como missão responder à necessidade de se fazer ouvir a voz singular e particular das igrejas protestantes minoritárias do sul da Europa.

O CMI é a principal organização ecuménica a nível internacional, fundada em 1948, em Amesterdão na Holanda, tem a sua sede em Genebra, Suíça. O CMI congrega mais de 340 igrejas e denominações em todo o mundo. Estas igrejas e denominações representam mais de 550 milhões de fiéis presentes em mais de 120 países.

A CPCE é uma organização que congrega igrejas protestantes, luteranas, metodistas, reformadas e unidas de 30 países da Europa e da América do Sul, representando mais de 50 milhões de protestante no Mundo. Existe, graças ao Acordo de Leuenberg, assinado em 1973.

É uma organização europeia que congrega pessoas que estão ligadas à Educação Cristã e ao ministério de Crianças nas Igrejas.

A ECEN tem como visão, reconhecer e celebrar a dádiva da criação. A ECEN trabalha em parceria com a CEC, promovendo a cooperação em ações e reflexão teológica sobre a necessidade de rever o nosso modo de vida e desafiando a ações concretas que promovam uma vida sustentável e o cuidado com a criação.

Formada em 1997 a Eurodiaconia é uma rede de 55 Igrejas e ONGs cristãs que dão apoio nas áreas socais, médica e dá voz a iniciativas de justiça social.

A GAW é uma organização da Igreja Evangélica Alemã, cujo objetivo é ajudar as igrejas com mais dificuldades e as suas obras diaconais. Também é da sua responsabilidade cuidar da Igreja na diáspora.

A IPU foi organizada em 10 de setembro de 1978, e é o mais recente ramo do Presbiterianismo do Brasil. Herdeira da Reforma Protestante e fruto do trabalho missionário das Igrejas Presbiterianas dos Estados Unidos, no século XIX., a IPU tem na sua identidade a defesa do ministério feminino, o compromisso social da Igreja e a abertura ao diálogo ecuménico. É a única igreja presbiteriana brasileira filiada a todos os organismos de comunhão reformada e ecuménicos.

A PCUSA é a maior denominação presbiteriana nos Estados Unidos da América. Conhecida pelo seu trabalho missionário de ensino e diaconato em outros países. É uma igreja aberta e inclusiva na doutrina e ministérios. O nome PC(USA) data de 1983. A PCUSA resulta da resulta da união da Presbyterian Church in the United States e da United Presbyterian Church in the United States of America.

Fruto do ensino de John Knox, a Igreja da Escócia estabeleceu-se como Igreja Reformada de tradição Presbiteriana Calvinista. A Igreja da Escócia, sendo a maior Igreja no país, pretende inspirar as pessoas com as Boas Novas de Jesus Cristo através da louvor, testemunho, cuidado e serviço comunitário.

O WCRC, formado em 2010 através da União da Aliança Mundial Reformada e do Conselho Ecuménico Reformado, conta com mais de 80 milhões de membros. A Comunhão Mundial das Igrejas Reformadas é a maior associação de igrejas reformadas do mundo.

A IEPP juntamente com Igreja Metodista Portuguesa e a Igreja Lusitana Católica Apostólica Evangélica é membro fundador do Conselho Português de Igrejas Cristãs (COPIC). O COPIC é desde 1971, uma Associação de Igrejas e Organizações de orientação ecuménica que pretende dar no contexto religioso e sociológico português um testemunho de consenso, de cooperação, de unidade, em obediência à Palavra do Senhor da Igreja, para glória de Deus que nos chama a viver no meio dos homens e das mulheres a quem Ele nos manda servir.

O Grupo de Trabalho Religiões e Saúde é uma estrutura de carácter inter-religiosa, criada na sequência da aprovação do Decreto-Lei n.º 253/2009 que regulamenta a assistência espiritual e religiosa nos hospitais e outros estabelecimentos do Serviço Nacional de Saúde (SNS), outorgando ao utente internado nestes serviços, independentemente da sua confissão, o direito a assistência espiritual e religiosa. Este grupo congrega representantes da Igreja Católica Romana, Aliança Evangélica Portuguesa, Comunidade Hindu, Comunidade Islâmica de Lisboa, Comunidade Israelita de Lisboa, Conselho Português das Igrejas Cristãs, Patriarcados Cristãos Ortodoxos Grego e Búlgaro, e a União Budista Portuguesa.

O Grupo de Trabalho para o Diálogo Inter-religioso, constituído em 2015 é coordenado pelo Alto Comissariado das Migrações. Promove o diálogo entre diversas confissões religiosas, a partilha de experiências e iniciativas que deem visibilidade ao fenómeno religioso, às comunidades religiosas reconhecidas em Portugal e ao diálogo inter-religioso. É composto pela: Aliança Evangélica Portuguesa, Associação Internacional Buddha´s Light de Lisboa, Comunidade Bahááí de Portugal, Comunidade Hindu de Lisboa, Comunidade Islâmica de Lisboa, Comunidade Muçulmana Ismaili, Comunidade Israelita de Lisboa, Igreja Católica Apostólica Romana (Patriarcado de Lisboa), Igreja Evangélica Presbiteriana de Portugal, Igreja de Jesus Cristo dos Santos dos Últimos Dias em Portugal (Mórmons), Igreja Lusitana Católica Apostólica Evangélica- Comunhão Anglicana, União Budista Portuguesa, União Portuguesa dos Adventistas do Sétimo Dia e o Patriarcado Ecuménico de Constantinopla (Igreja Ortodoxa de Constantinopla).

A Igreja Metodista em Portugal, sediada no Porto é fruto do testemunho de dois leigos ingleses: Thomas Chegwin, em 1854, e James Cassels, dez anos mais tarde. Em 1868 foi construída a primeira capela Metodista em Vila Nova de Gaia. Desde 26 de outubro de 1996, a Igreja é uma igreja nacional independente.

Em meados do século XIX, com a chegada a Portugal de outras correntes do cristianismo, ligadas à espiritualidade anglicana, à tradição protestante e ao movimento "velho-católico", alguns sacerdotes e leigos desligaram-se da Igreja Romana e formaram pequenas comunidades, onde se encontravam para, em igreja, viver e partilhar a sua fé em Jesus Cristo. É, desde 1980, ano em que aconteceu o seu 1º sínodo, membro da Comunhão Anglicana e tem como Autoridade Metropolitana o Arcebispo de Cantuária.