A IEPP, uma denominação Protestante Reformada, tem em Portugal as suas raízes no ministério do missionário Robert Kalley, médico e pastor escocês. 

Robert Kalley chegou ao Funchal em 1838 e desenvolveu um ministério notável: abriu um hospital com consultas gratuitas para os mais pobres, fundou a primeira rede de escolas em Portugal, que ofereciam gratuitamente instrução primária a crianças e adultos, distribuiu a Bíblia e começou uma forte campanha evangelística.  Em 1845 foi fundada a primeira congregação protestante portuguesa, a Igreja Presbiteriana Portuguesa no Funchal. No entanto, em 1843, Kalley é preso e começa uma feroz perseguição na ilha da Madeira. Robert Kalley foge para o Brasil assim como muitos crentes que mais tarde fundam igrejas no Brasil, Estados Unidos e Trinidad e Tobago.

No continente, cultos e reuniões iniciam-se por volta de 1866, também devido à ação missionária dos Escoceses e, em 1870 organiza-se a Igreja Presbiteriana Portuguesa. O seu primeiro pastor é António de Matos (ordenado diácono na Madeira). 

Apesar das perseguições, foram surgindo ao longo dos séculos XIX e XX diversas comunidades presbiterianas em Portugal. Em 1926, estas comunidades organizam-se num presbitério. Em 1944 as igrejas presbiterianas da Madeira, Açores e continente, unem-se e surge assim a Igreja Evangélica Presbiteriana de Portugal (IEPP). Os estatutos foram depositados no Governo Civil de Lisboa em 1947.

Entre 1946-1952, devido às dificuldade económicas da Sociedade de Evangelização do Rio de Janeiro/Missão Evangelizadora do Brasil e Portugal em sustentar os seus obreiros em Portugal, muitas igrejas congregacionais aderiram ao presbiterianismo e, a 31 de outubro de 1952, reuniu o primeiro Sínodo. De notar que esta Sociedade Evangelizadora (1890) era uma iniciativa da Igreja Fluminense do Rio de Janeiro que havia sido fundada em (1858) por Robert Kalley.

A IEPP abriu o primeiro Seminário de Teologia em Portugal em 1946, foi precursora do movimento Ecuménico em Portugal, foi fundadora do COPIC – Conselho Português de Igrejas Cristãs em 1971 e, em conjunto com a Igreja Evangélica Metodista Portuguesa edita a revista evangélica mais antiga de Portugal ainda em circulação:  Portugal Evangélico.

Hoje a IEPP é uma igreja que para além do seu passado de fé e fidelidade está a construir um testemunho fiel à chamada de Cristo Jesus.

Fontes:

CALADO, Paulo Santo e Silva. (2012). A Obra Evangélica Congregacional em Portugal

CARDOSO, Manuel Pedro. (2001). 1901-2001: Um século na Figueira da Foz.

LANGUM, David J. (2009) António de Mattos, Um pioneiro Protestante.

TESTA, Michael - (1963) O Apostolo da Madeira, Igreja Evangélica Presbiteriana de Portugal,.